微生物資源の整備と利活用の戦略

第1章　微生物資源に関連した活動の概論
第1節　微生物資源の確保・整備戦略 《大熊　盛也》
1．微生物研究の潮流
2．微生物の多様性
3．微生物資源の重要性
4．微生物資源整備機関の役割
5．微生物資源の確保と整備に向けた展望
第2節　日本における微生物系統保存事業と日本微生物資源学会 《鈴木　健一朗》
1．はじめに
2．日本の微生物資源調査と日本微生物保存機関連盟
3．日本微生物株保存連盟とその活動
4．日本微生物資源学会の組織と活動
5．まとめ

第2章　利活用促進により研究に寄与する微生物資源
第1節　環境と健康の研究に資する一般微生物の整備 《大熊　盛也》
1．JCM（Japan Collection of Microorganisms）の概要
2．収集と保存
3．品質管理への取り組みと運営体制の継続的改善
4．提供の実績
5．微生物株関連情報の整備
6．基準株の整備
7．利用者による成果
8．国際貢献と国際連携，人材育成
9．リソース整備事業と研究開発
10．将来に向けた展望
第2節　微生物ゲノムとウイルスのDNA リソースの提供 《村田　武英　　三輪　佳宏》
1．はじめに
2．微生物ゲノムDNA 提供事業の開始
3．提供するDNA の品質
4．提供可能なゲノムDNA の品揃えの拡充
5．微生物ゲノムDNA が利用される研究分野
6．クローニングされた微生物遺伝子材料の提供
7．ウイルスの遺伝子材料
8．終わりに
第3節　原核生物リソース 《仁木　宏典　　秋山　光市郎》
1．はじめに
2．大腸菌と枯草菌のリソース系統
3．国内外の微生物資源分譲機関
4．NBRP 原核生物が保有するリソース
5．NBRP 原核生物リソースとデータベース
6．リソースの利用例
7．今後のリソース
第4節　分裂酵母リソース 《中村　太郎》
1．はじめに
2．分裂酵母のリソース機関
3．ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）酵母
4．おわりに
第5節　出芽酵母リソース 《杉山　峰崇》
1．はじめに
2．出芽酵母
3．広島工業大学・出芽酵母遺伝資源研究センター
4．おわりに
第6節　微細藻類リソースの多様性と利活用 《河地　正伸　　鈴木　重勝》
1．はじめに
2．微細藻類リソースの多様性とユニークな特性
3．藻類カルチャーコレクション
4．利活用戦略
5．おわりに
第7節　きのこリソース 《早乙女　梢　　尾崎　佑磨　　一柳　剛》
1．はじめに
2．「きのこ」とは
3．きのこの利活用
4．NBRP きのこリソースとしての鳥取大学菌類きのこ遺伝資源研究センター
5．きのこ菌株の収集と保存
6．きのこ抽出物ライブラリー
7．きのこ品種育成者権者を対象とした安全寄託制度の開始
第8節　ゾウリムシリソース 《橘　理人　　度会　雅久》
1．緒　言
2．ゾウリムシの一般的な性状
3．ゾウリムシの特徴的な性状
4．ゾウリムシ研究の歴史
5．ゾウリムシの活用方法
6．近年の研究動向
7．教育分野における活用方法
8．バイオリソースとしての問題点
9．研究に利用可能な技術および材料とそれらの課題
10．おわりに
第9節　細胞性粘菌リソース 《桑山　秀一》
1．はじめに
2．細胞性粘菌の種類と生態
3．代表種「キイロタマホコリカビ」の生活環と研究における利点
4．NBRP 事業による細胞性粘菌リソース整備と細胞性粘菌コミュニティ
5．おわりに
第10節　病原真菌リソース 《矢口　貴志　　伴　さやか》
1．はじめに
2．病原真菌コレクションの整備状況
3．病原真菌の利用状況
4．おわりに
第11節　病原原虫リソース 《風間　真　　金子　修　　見市　文香》
1．病原原虫リソースとは
2．病原原虫を扱うバイオリソース機関
3．代表的なヒト病原性の原虫種
4．病原原虫リソースの提供方法
5．利用時，提供時の留意点
6．病原原虫リソースの利用例
7．病原原虫リソースの利活用への期待と展望
第12節　病原細菌リソース 《田中　香お里　　林　将大》
1．はじめに
2．病原細菌リソースの特性と役割
3．岐阜大学 高等研究院 微生物遺伝資源保存センター（GCMR）のコレクションの成り立ち
4．岐阜大学 高等研究院 微生物遺伝資源保存センターの沿革および運営体制
5．GCMR の施設･設備概要
6．GCMR の業務
7．公開菌株と利用の概要
8．おわりに
第13節　腸管感染菌を中心とした病原細菌リソース 《飯田　哲也　　田中　美智男　　服部　裕美》
1．はじめに
2．大阪大学微生物病研究所における菌株保存事業
3．病原微生物資源室のカルチャーコレクション
4．NBRP 病原細菌事業への参画
5．細菌菌種同定サービス：表現系性状検査およびゲノム解析
6．おわりに

第3章　特徴ある微生物資源のコレクション
第1節　農業関連微生物遺伝資源の整備 《佐藤　衛》
1．はじめに
2．保存株について
3．保存株の利用について
4．微生物株の管理・効果的な公表について
5．各方面との連携について
6．おわりに
第2節　森林総合研究所コレクション?森林微生物菌株 《服部　力》
1．はじめに
2．森林総合研究所微生物資源コレクションの沿革
3．コレクションの概要
4．現状と課題
第3節　北海道大学のコレクションと応用菌学 《曾根　輝雄　　阿部　歩》
1．AHU 菌株保存室の歴史
2．Rhizopus 属の再分類
3．ワイン醸造関連微生物の収集とカタログ化
4．おわりに
第4節　産業有用微生物の整備 《木下　浩》
1．NBRC が保有する2 つのコレクション
2．工業製品の機能を示すために微生物を利用
3．微生物が産生する化合物，酵素の利用
4．微生物の特性の利用
5．RD 株
6．NBRC 保存株の製品化および特許化
第5節　東京農業大学の乳酸菌コレクション 《田中　尚人》
1．はじめに
2．東京農業大学微生物リソースセンター（NRIC）の特徴
3．乳酸菌コレクション
4．保有乳酸菌株の付加価値化
5．データベース
6．保有乳酸菌株の利用契約
7．おわりに
第6節　ワインと微生物資源 《乙黒　美彩》
1．はじめに
2．ワイン醸造と微生物
3．RIFY に保存されている特徴的な微生物コレクション
4．自然界からのワイン醸造用酵母および乳酸菌の分離と保存
5．おわりに
第7節　酒類醸造と微生物資源 《赤尾　健　　織田　健　　髙橋　正之》
1．はじめに
2．酵　母
3．麹　菌
4．乳酸菌
5．清酒関連のその他の微生物資源
第8節　玉川大学の菌類ライブラリーと有用物質探索 《石﨑　孝之》
1．玉川大学学術研究所菌学応用研究センターの活動
2．菌類ライブラリー
3．菌類ライブラリーを活用した有用物質の探索
4．菌類ライブラリーの利用促進
第9節　石巻専修大学の接合菌類ヒゲカビのコレクション 《宮嵜　厚》
1．はじめに
2．ISU コレクションまでの変遷
3．ISU コレクションの保存系統
4．コレクション株の活用
5．課題と展望
第10節　広島大学における菌株保存事業の歴史 《川北　龍司》
1．はじめに
2．歴代の代表とコレクションのあゆみ
3．現在の保有状況について
4．将来に向けて～人的課題と大学のコレクションが抱える問題点～
第11節　帝京大学医真菌コレクションと薬剤耐性研究 《山田　剛》
1．帝京大学医真菌研究センターと病原真菌株のコレクション
2．抗真菌薬に耐性を示す病原真菌の収集・保存と薬剤耐性機構の解析
3．薬剤耐性白癬菌のコレクションが白癬の制御にもたらす意義
第12節　 海洋研究開発機構（JAMSTEC）における深海微生物株コレクション
《布浦　拓郎，長野　由梨子，宮﨑　征行，澄田　智美，出口　茂》
1．沿　革
2．JAMSTEC における深海微生物コレクション
3．深海バイオリソース提供事業

第4章　微生物資源に関わる種々の課題
第1節　細菌・アーキアにおける命名規約とその動向 《伊藤　隆》
1．はじめに
2．ICNB・ICNP の変遷
3．ICNP の概要
4．タクソンの階級と命名
5．学名の基準
6．学名の発表と優先権
7．未培養原核生物の命名1（ICNP における未培養原核生物の扱い）
8．未培養原核生物の命名2（SeqCode に関連した動き）
9．おわりに
第2節　真菌の命名と系統分類に関する課題
《青木　敬太　　小林　裕樹　　高島　昌子》
1．はじめに
2．「実体」は「株」
3．種の分類とリソース事業の深い関係
4．見出しとしての「学名」
5．「学名」は変更される
6．リソースセンターへの期待
第3節　 一般微生物資源コレクションにおけるMTA，品質管理
および提供の実際と課題 《飯田　敏也》
1．はじめに
2．微生物資源の取り扱いとMTA
3．微生物資源の保存と品質管理
4．微生物資源の輸送
5．ISO9001 品質マネジメントシステムと微生物資源コレクション業務の運営
6．おわりに
第4節　バイオセーフティと微生物資源の課題 《伴　さやか　　矢口　貴志》
1．はじめに
2．バイオセーフティの基礎
3．バイオセーフティに関連する法令等
4．微生物の国際輸送におけるルール
第5節　特許出願における微生物の寄託制度と長期保存に関する課題 《佐藤　真則》
1．はじめに
2．特許微生物寄託制度の概要について
3．2 つの特許微生物寄託制度
4．ブダペスト条約と条約加盟国について
5．日本の2 つの特許微生物寄託機関
6．寄託件数の推移
7．寄託手続について
8．分譲手続について
9．生存確認試験について
10．特許寄託微生物の保管体制について
11．特許寄託微生物の長期保存に関する課題と取り組み
12．寄託終了後の特許寄託微生物の利活用
13．まとめ
第6節　微生物リソース所在情報の整備と検索 《宮崎　智》
1．はじめに
2．微生物カタログ統合検索システム
3．微生物リソース所在情報
4．おわりに
第7節　微生物統合情報とリソース 《森　宙史　　東　光一　　黒川　顕》
1．はじめに
2．微生物統合データベースMicrobeDB.jp
3．MicrobeDB.jp を利用したアプリケーション
4．MicrobeDB.jp からMicrobiome Datahub へ
5．MAG データの現状
6．Microbiome Datahub におけるMAG の活用
7．Microbiome Datahub とリソース
8．統合データベースの課題と今後
第8節　微生物の受託試験サービスにおける役割と課題 《望月　淳》
1．はじめに
2．受託試験サービスの対象となる微生物資源
3．微生物資源の利活用のための分類・同定の意義と試験法
4．分類・同定以外の微生物試験と課題
5．微生物群集構造解析
6．おわりに
第9節　質量分析による微生物分析 《寺本　華奈江》
1．はじめに
2．MALDI-MS による微生物分析
3．試料調製の実際
4．おわりに
第10節　産業界における微生物利活用における成果と課題 《石田　達也　　山本　恵理》
1．はじめに
2．産業界における微生物の利活用事例
3．当社における乳酸菌の利活用事例
4．産業界における微生物利活用に関する課題と菌株保存機関への期待
5．おわりに
第11節　 国際およびアジア地域における微生物保存機関の連携（WFCC,WDCM, ACM, ANRRC） 
《伊藤　隆　　大熊　盛也》
1．はじめに
2．WFCC
3．WDCM
4．アジア地域におけるコレクション間の連携
5．国際連携の展望
第12節　 海外微生物資源とデジタル配列情報のアクセスと利益配分に 関する課題 《市原　準二》
1．はじめに
2．生物多様性条約と遺伝資源へのアクセスと利益配分
3．名古屋議定書
4．名古屋議定書の課題
5．デジタル配列情報の利用からの利益配分の議論の経緯
6．COP15 におけるデジタル配列情報の議論
7．デジタル配列情報からの利益配分の決定内容
8．今後の議論のポイント
9．おわりに

第5章　微生物資源の開拓・整備と利活用研究
第1節　アーキア未培養系統群の分離培養 《酒井　博之》
1．はじめに
2．アーキアの歴史的背景と学術的意義
3．アーキア系統の全体像
4．アーキアの一般的な培養法
5．近年培養されたアーキア未培養系統群
第2節　アーキア・極限環境細菌リソースの整備 《加藤　真悟》
1．はじめに
2．アーキア・極限環境細菌の分類
3．アーキア・極限環境細菌の培養
4．アーキア・極限環境細菌の保存
5．おわりに
第3節　アーキアが示す特異な代謝 《跡見　晴幸　　横大路　裕介》
1．はじめに
2．Coenzyme A
3．細菌や真核生物におけるCoA 生合成経路
4．ゲノム情報に基づいたアーキアにおけるCoA 生合成経路
5．Pantoate kinase（PoK）の発見
6．Phosphopantothenate synthetase（PPS）の発見
7．Ketopantoate reductase（KPR）によるCoA 生合成の制御
8．β-alanine の生合成
9．アーキア型dephospho-CoA kinase の発見
10．T. kodakarensis におけるPPCS-PPCDC とPPAT の機能検証
11．T. kodakarensis におけるCoA 生合成経路の特徴
12．CoA 生合成経路の進化
13．おわりに
第4節　多様な好気性細菌リソースの寄託と整備 《飯野　隆夫》
1．はじめに
2．酢酸菌
3．大腸菌，サルモネラおよびその他関連細菌腸内細菌科
4．バチルス，リステリア，ブドウ球菌
5．ビブリオおよび関連細菌
6．おわりに
第5節　金属腐食微生物とリソース 《若井　暁》
1．はじめに
2．微生物腐食と感染症
3．腐食性微生物
4．微生物機能と腐食
5．これまでの微生物腐食解析の問題点
6．実環境の解析から見えてきた腐食反応と微生物群集構造
7．バイオマーカーを用いた微生物腐食診断技術開発
8．微生物腐食とバイオリソース
9．おわりに
第6節　陸上温泉の微生物資源 《春田　伸》
1．はじめに
2．光合成微生物
3．化学合成微生物
4．おわりに
第7節　細菌が産生する膜小胞とリソースの利活用 《田代　陽介》
1．はじめに
2．細菌から放出される多様な形状の膜小胞
3．遺伝子水平伝播の媒体となる膜小胞
4．膜小胞の免疫調節機能と医療応用
5．おわりに
第8節　腸内細菌リソースの整備 《坂本　光央》
1．はじめに
2．リソースの収集
3．リソースの開発
4．提供数の多いリソース
5．おわりに
第9節　日欧ヒト腸内常在菌叢最優勢51 種の一斉培養システム 《栗原　新　　平野　里佳》
1．はじめに
2． 欧州人腸内常在菌叢最優勢32 種におけるポリアミン輸送と生合成の解析により明らかとなった
　　新規ポリアミン代謝・輸送遺伝子の存在の可能性
3． 次世代プレバイオティクスがビフィズス菌の選択的増殖を促進し，Clostridioides difficile の増殖を抑制する
4．ヒト腸内細菌に対するラウリン酸の抗菌活性の測定
5． ウォータージェットシステムにより微細化されたおからがRoseburia intestinalis の酪酸産生に及ぼす影響
6．腸内細菌が作るフェネチルアミンが宿主の末梢セロトニン産生を促進する
7．GB 培地を用いた日欧ヒト腸内常在菌叢最優勢種の網羅的培養法の開発
8．まとめと今後の展望
第10節　免疫を活性化する乳酸菌 《藤原　大介》
1．背　景
2．免疫を活性化する乳酸菌の探索
3．プラズマ乳酸菌の作用メカニズムの解析
4．動物モデルにおける効果の検証
5．ヒトにおける効果の検証
6．免疫機能性表示への挑戦
7．おわりに
第11節　 ヒトマイクロバイオームの産業化における課題とバイオリソース 
《関口　勇地　　Dieter Tourlousse》
1．はじめに
2．ヒトマイクロバイオーム研究の現状と産業化に向けた動向
3．本分野の産業化に関する課題
4．微生物バイオリソースの重要性
5．まとめ
第12節　 畜産関連微生物資源の開拓～NARO 乳酸菌コレクションの産業応用の可能性～ 《遠野　雅徳》
1．はじめに
2．畜産関連の有益微生物である乳酸菌
3．NARO 乳酸菌コレクション
4．NARO 乳酸菌コレクションの特徴
5．おわりに
第13節　野生酵母リソースの整備 《遠藤　力也》
1．はじめに
2．野生酵母はどこに何がいるか
3．野生酵母リソースの整備例
4．野生酵母リソースの応用例
5．野生酵母リソース開発の課題
6．おわりに
第14節　環境中の真菌の多様性と微生物資源の開拓 《橋本　陽》
1．自然環境における真菌の分布
2．植物と真菌
3．動物と真菌
4．海洋における真菌の多様性
5．真菌と真菌
第15節　病原真菌研究におけるカルチャーコレクション利活用の実際
《杉田　隆　　倉門　早苗　　松本　靖彦　　張　音実　　高島　昌子》
1．病原真菌と真菌感染症（真菌症）
2．ユーザーからみる病原真菌カルチャーコレクションの利用法
3．カルチャーコレクション株を利用した感染実験と抗真菌薬の薬効評価の実際
4．カルチャーコレクション株を用いたNon-neoformans Cryptococosis の原因菌の分類学的研究の実際
5．カルチャーコレクションの分子疫学調査への利用：リファレンス株としての利活用
6．おわりに